La chiesa deve il suo aspetto attuale alla ricostruzione settecentesca e ai rifacimenti del secolo XIX: tuttavia le sue origini sono ben più antiche e si fanno risalire al XIV secolo. Un documento custodito nell'archivio parrocchiale, infatti, data la chiesa al 1323, menzionandola tra le 7 parrocchie più antiche di Maddaloni. Da questa stessa fonte documentaria si ricava inoltre che la chiesa nel 1509 fu annessa al capitolo della chiesa di S. Pietro di Maddaloni per riacquistare la sua autonomia solo nel 1924.
Ben poco si conserva della struttura originaria. Alla primitiva chiesa gotica risalgono un grande portale archiacuto, strombato e con un architrave ad arco ribassato, i resti delle finestre e del portale più piccolo esistenti nel fianco della chiesa lungo la strada. Sappiamo tuttavia, anche grazie a Giacinto de Sivo (1865), che la chiesa in origine era costituita da una sola navata, verso la parete Nord della navata stessa, con due cappelle a volta: una dedicata alla Madonna del Carmine, a San Leonardo e a San Vito, l'altra alla Madonna del Rosario. Originariamente l’altare maggiore era ad Est, avanti il Cappellone.
Sulla parete sinistra della navata centrale, in prossimità dell'altare, si trova il prezioso dipinto raffigurante la Madonna del Rosario tra San Domenico e Santa Caterina con le anime purganti. A proposito di esso Gabriele Palladino, funzionario del Comune di Pontelandolfo (BN) ma soprattutto ricercatore appassionato e valorizzatore instancabile delle risorse ambientali e culturali del territorio campano, scrive che col supporto di evolute tecnologie si è potuto constatare che il dipinto reca sul retro l'iscrizione Jova Ang Pat Ner Terre Pontis L.FI Pincerat A.D.: DCXXXXVIII. Non è stato difficile per gli esperti d'arte assegnare, a questo punto, la paternità dell'opera, datata 1648, all'artista dell'epoca Giovan Angelo Pater Noster o Paternostro o Patris Nostri nato a Pontis Landulfi (Pontelandolfo) il 29 giugno 1602 ed ivi deceduto durante la peste del 1656 il 20 di agosto.
L'intervento settecentesco modificò radicalmente l'aspetto originario della chiesa, ribaltandone l'orientamento: venne aggiunta una seconda navata, voltando a cannucciate la navata originaria, rifacendo decorazioni ed altari. Inoltre fu costruita, in prossimità dell'antico cappellone gotico dedicato a San Leonardo, la torre campanaria che affianca l’attuale ingresso, a tre ordini, classicamente disposti, culminante in una cuspide maiolicata.
Ulteriori interventi si ebbero sul finire dell'Ottocento quando l'antica abside venne dimezzata per ricavare gli ambienti della sacrestia e della cantoria dell'organo.
Delle opere citate dal De Sivo solo alcune sopravvivono (partendo dal primo 1° altare appena a sinistra dell'ingresso): tra esse notevoli il barocco S. Giuseppe con bella cornice coeva, la successiva grande cona con macchina lignea datata 1648 (Madonna del Rosario e santi) e, sull'altare maggiore S. Margherita, tela attribuita a Pompeo Landulfo (fine sec. XVI) ma solo se anticipata alla sua fase giovanile. A destra dell'ingresso attuale, timpanato e di modi neoclassici ottocenteschi, si apre il cappellone gotico, aperto sulla navata da un grande arco trionfale ogivale.
I lavori del cappellone, datati al 1408 grazie alle chiare iscrizioni dipinte, presentano una tra le più importanti, anche perché rarissime, testimonianze in Campania della pittura ai primi del sec. XV, ancora conservate nel loro contesto architettonico originario. La volta è a crociera con costoloni ed è decorata con affreschi raffiguranti i quattro Evangelisti e i quattro maggiori Dottori della Chiesa. Il ciclo pittorico visibile sulla parete di fondo del cappellone gotico consta, nella parte alta, della rappresentazione dell'Eterno Padre racchiuso in una mandorla, ai lati l'Angelo Annunciatore e la Vergine, in un tempietto già di spirito rinascimentale per il gusto nel riuso dei capitelli; in basso è raffigurata una grande e popolata Crocifissione. Questi affreschi furono commissionati nel 1498 dal nobile di Maddaloni Masello Guerra, il cui ritratto compare nella scena dell'Annunciazione, raffigurato ai piedi dell'Arcangelo Gabriele con il cartiglio descrittivo recante il suo nome e la data. Sul paramento murario sinistro del cappellone, infine, sono visibili altri frammenti di affreschi: la Santa Messa, forse del XIII secolo con ai lati a sinistra S. Lorenzo e a destra S. Leonardo; Papa Eugenio IV tra due cardinali domenicani, databile probabilmente tra il 1431 e il 1447, gli anni del pontificato di Eugenio IV. Al di sotto di essi, in caratteri gotici, sono dipinte le indulgenze di cui godeva la cappella, dedicata a S. Leonardo. Altri affreschi ricoprivano le pareti laterali della cappella; ne sono visibili ancora delle tracce al di sotto dell’intonaco che li ha in parte ricoperti.
Attualmente la chiesa si presenta a due navate divise da arcate impostate su pilastri; un imponente arco acuto introduce all'antico cappellone gotico coperto da una volta a crociera archiacuta. L'importanza della chiesa risiede soprattutto nel ciclo di affreschi rinvenuti sulle pareti del cappellone absidale a seguito di lavori di restauro e di consolidamento della struttura muraria. Gli affreschi, datati ai primi del Quattrocento, sono un'importante testimonianza della tradizione pittorica tardo gotica campana. Per qualità pittorica e per affinità stilistica gli affreschi della chiesa di Santa Margherita sono da collegare ad alcuni dipinti presenti nelle chiese maddalonesi dell'Annunziata, di San Benedetto, di San Luca e di Santa Maria de Commendatis. Questa relazione ha indotto gli studiosi a considerare l'ipotesi dell'esistenza a Maddaloni di una "bottega" di notevole importanza in grado di produrre opere di pregevole fattura.
Fonti: Ministero per i Beni Culturali e Pietro Di Lorenzo; "Alla ricerca di insediamenti templari a Maddaloni".
Guarda il video delle immagini del cappellone gotico accompagnate dalla musica di Giacomo Puccini
Giacomo Puccini Sr. – Magnificat in D 1764 – Fecit Potentiam
Francesco Pellegrino, Tenore
Inga Filippova, Soprano
Adolfo De Santis, Piano
Immagini della Chiesa di Santa Margherita – Maddaloni, Giuseppe Diodati